Im St-Antonius-Hospital werden für den Aufbau des einrichtungsinternen Qualitätsmanagementsystems die Strukturen der DIN EN ISO 9001:2008, einer international anerkannten Nachweisnorm für Aufbau, Aufrechterhaltung und Weiterentwicklung von Qualitätsmanagementsystemen, genutzt. Kernelement dieses Systems ist die Prozessorientierung mit dem Ziel, die krankenhausinternen Abläufe an die Anforderungen der Patienten, Zuweiser und der anderen Anspruchsgruppen anzupassen und in hohem Maße zufrieden zu stellen. Im Gegensatz zu anderen Zertifizierungsverfahren bietet die DIN EN ISO die Möglichkeit einer partiellen Vorgehensweise. Mittlerweile sind neben dem Euregio-Brust-Zentrum (2001) auch die Klinik für Urologie und Kinderurologie (2007) und das Prostatakarzinomzentrum (2007) entsprechend zertifiziert.

Neben dem Aufbau eines einrichtungsinternen Qualitätsmanagementsystems legt das St.-Antonius-Hospital großen Wert auf die Anerkennung der etablierten medizinischen Kompetenzzentren durch die medizinischen Fachgesellschaften. Die Tumorzentren (Euregio-Brust-Zentrum und ProstataKarzinomZentrum) unterliegen einer jährlichen Überprüfung durch die Deutsche Krebsgesellschaft (DKG), das Euregio-Gefäß-Zentrum erfüllt die Qualitätsanforderungen der Deutschen Gesellschaft für Gefäßchirurgie (DGG) und Angiologie (DGA). Die Chest-Pain-Unit der Klinik für Innere Medizin erfüllt die Maßstäbe der Deutschen Gesellschaft für Kardiologie (DGK). Die Einbindung des St.-Antonius-Hospitals in das überregionale Traumanetzwerk EURegio Aachen® mit der Anerkennung als  regionales Traumazentrum erfolgt nach dem Konzept der Deutschen Gesellschaft für Unfallchirurgie (DGU).

Alle Erkenntnisse, die aus den einzelnen Zertifizierungen gewonnen werden, haben Vorbildcharakter für andere medizinische Bereiche und können größtenteils in das gesamte Haus multipliziert werden.

Qualitätssicherung und –management ist im St.-Antonius-Hospital Führungsaufgabe und erfordert die unbedingte Unterstützung der Leitung. Dies gilt sowohl auf der Ebene der Krankenhausbetriebsleitung als auch auf der medizinischen Ebene durch die Chefärzte. Die Krankenhausbetriebsleitung legt die Qualitätsmanagementziele fest, die im Rahmen interdisziplinärer Projektarbeit unter Leitung der Abteilung Qualitätsmanagement umgesetzt werden. Dabei gewährleistet die Qualitätsmanagmentabteilung als beratende Stabsstelle eine unabhängige Sichtweise.